2015 год. Семнадцатилетний Аято Камина живет со своей матерью в Токио, ходит в школу, у него более-менее обычная скучная жизнь. В тот день он, как обычно, позавтракал, вышел из дома, встретился с Торигаем и Асахиной, своими школьными друзьями, как обычно сел с ними в поезд… И тут началась война. В небе появились самолеты, атакующие город. Токио погрузился в хаос, Торигай ранен, Асахина остается с ним, а Аято отправляется за помощью. На улице он встречает свою одноклассницу Рейку Мисима, с которой продолжает поиски хоть кого-нибудь, способного оказать помощь. Аято спускается в метро, где Рейка вдруг исчезает, зато появляются люди в черном, представляющиеся правительственными агентами, и настойчиво предлагают Аято пройти с ними. Но таинственная молодая женщина спасает юношу от агентов и обещает, если тот пойдет с ней, рассказать "всю правду о мире". Аято не хочет слушать, он забегает в поезд, который отвозит его к старому храму, где юношу дожидается его судьба - гигантский робот RahXephon, управлять которым может только он.
